Le téléthon est une magnifique œuvre de générosité qui concourt à soulager les souffrances des familles touchées par la maladie et fait progresser la médecine.
   Cependant certaines recherches et orientations prises par le Téléthon apparaissent incompatibles avec le respect des exigences éthiques fondamentales. Quatre reproches principaux peuvent être faits :
1° L'utilisation d'embryons humains pour la recherche.  Le téléthon a permis le financement du premier grand centre de recherche français sur l'embryon, I-Stem, sous la direction de Marc Peschanski. L'objectif de ce centre est d'étudier les potentialités thérapeutiques des cellules souches embryonnaires. Ces cellules sont obtenues par la destruction d'embryons humains.  Il ne s'agit pas d'essayer de guérir des embryons malades mais d'utiliser leurs cellules comme matériau de recherche.
   Or il existe d'autres voies de recherches qui n'impliquent pas de destruction d'embryon, notamment la recherche sur les  cellules souches adultes ( présentes dans le cordon ombilical, le sang, l'épithélium olfactif…). Ces recherches sont tout aussi (voire plus) prometteuses que les premières mais beaucoup moins médiatisées et encouragées. Cette voie de recherche, tout à fait acceptable éthiquement, est celle défendue par l'Eglise.
2° La sélection des embryons par l'utilisation du diagnostic préimplantatoire (DPI). En 2000, l'AFM (Association Française contre les Myopathies, organisatrice du téléthon) se félicite de « la naissance en France du premier enfant en bonne santé à la suite du diagnostic préimplantatoire ». En réalité, ces enfants n'ont pas été guéris mais sélectionnés génétiquement avant la réimplantation dans le ventre de la mère, tandis que les embryons porteurs de l'anomalie génétique sont éliminés.
   Dès 1999, le Pr Testart dénonçait « la mise en scène triomphaliste de victoires toujours promises sur le malheur (…) » Le téléthon a d'abord présenté des enfants myopathes, appelant à la solidarité des téléspectateurs. Après quelques années, on a pu voir apparaître à l'écran des enfants heureux d'être normaux dont l'existence était annoncé comme consécutive à la générosité du public : ces « bébéthon » étaient en réalité les survivants du diagnostic prénétal, lequel les avait démontré normaux in utéro malgré leur conception par des « couples risques ».
3° L'utilisation de fœtus avortés dans la recherche. Dans le cadre de son programme de recherche sur la maladie de Parkinson et de Hutington, l'AFM finance des travaux réalisés à partir de greffes de neurones de fœtus avortés. Il faut en général 3 à 10 fœtus pour un patient, et il s'agit de fœtus dont les cellules neurales ne sont pas encore mortes.
4° Action de lobbying pour l'autorisation du clonage humain. Même si l'ex président de l'AFM, Eric Moliné, refuse de prendre une position tranchée au sujet du clonage, il est indéniable que certains des membres de l'AFM sont des militants du droit au clonage thérapeuthique  (la présidente du conseil scientifique de l'AFM, Ketty Schwartz et Marc Peschanki, directeur du programme I-Stem.)
   L' Eglise invite donc les chrétiens à se mobiliser avec générosité pour favoriser le progrès de la science mais également, avant d'effectuer leur choix et soutenir tel ou tel organisme, à s'informer sur les recherches et les traitements qui prennent en compte ces repères éthiques. « Ce n'est pas parce que le téléthon est une entreprise généreuse, parce qu'il a permis de grands progrès, d'abord dans la prise de conscience de l'existence des enfants myopathes et ensuite dans la recherche pour des traitements contre la myopathie, que ça lui donne un chèque en blanc » disait récemment Mgr André Vingt-Trois, archevêque de Paris. Pour être en cohérence avec l'enseignement moral de l'Eglise, nous ne pouvons promouvoir des campagnes de dons que si elles offrent toutes les garanties éthiques nécessaires sur les expérimentations qu'elles soutiennent, en particuliers vis-à-vis de l'embryon qui ne peut être considéré comme un simple matériau, puisqu'il est un enfant à naître.